遺伝型が逆に見える — ストランドの取り違え

文献では C と T の話なのに、手元のデータには G と A しか出てこない。読み間違いではなく、どちらの鎖を基準に書いているかの違いです。

解読を独学で進める方がいちばん多く踏むのが、おそらくこれです。

論文や解説記事では「C から T への置換」と書かれている多型が、手元のデータを見ると G と A しか出てこない。数字も位置も合っているのに、塩基だけが噛み合わない。

読み間違いではありません。どちらの鎖を基準に書いているかが違うだけです。

二本鎖であること

DNA は二本の鎖が向かい合った構造をしています。片方に A があれば、向かいには必ず T があります。G の向かいには C があります。

つまり、同じ一箇所の変化を、どちらの鎖から見るかで表記が変わります。

どちらも同じ現象を指しています。間違っているわけではありません。

参照配列の座標は、常に一方の鎖（プラス鎖と呼ばれます）を基準に書かれます。 VCF ファイルに並ぶ塩基も、この基準に従います。

一方、遺伝子はプラス鎖に乗っているとは限りません。 半分ほどは反対向きに乗っています。そして論文や臨床の文脈では、遺伝子の向きに合わせて表記するのが普通です。

したがって、反対向きに乗っている遺伝子については、文献の表記とデータの表記が必ず食い違います。

よく知られた例を挙げます。

MTHFR の C677T。 この遺伝子は反対向きに乗っています。文献では C から T への置換として語られますが、参照配列の基準では G から A への置換として記録されます。同じ一箇所です。

このため、生データを自分で開いた方が「C も T も出てこない、データが間違っているのでは」と混乱する、という場面がよく起きます。

COMT の Val158Met。 こちらは同じ向きに乗っているので、文献の表記とデータの表記が一致します。食い違いません。

つまり遺伝子ごとに違うので、「いつも反転させればよい」という覚え方はできません。

その遺伝子がどちら向きに乗っているかを、毎回確認します。

面倒に見えますが、ここを省くと結論が反転します。ヘテロなら影響は出ませんが、ホモの場合は「変異を持っている」と「持っていない」が入れ替わります。解読の中で、間違いの結果がいちばん大きくなる箇所の一つです。

確認の癖をつけるために、簡単な検算を挟むことをお勧めします。

対象の多型について、その集団での頻度を調べておきます。手元の結果が、頻度から見て極端に珍しい側に出た場合、まず疑うべきはストランドの取り違えです。

「珍しい結果が出た」と喜ぶ前に、表記を確認する。この順番を身につけておくと、事故がかなり減ります。

注釈付けの道具の多くは、この変換を自動で扱います。ただし道具によって出力の基準が違うので、どの基準で書かれた結果を見ているのかは、自分で把握しておく必要があります。

自動でやってくれるから安心、ではなく、自動でやってくれた結果がどちら基準か、を確認する。ここは最後まで人が見る場所です。